Além de toda a estrutura de saúde disponibilizada em Aguaí, os pacientes que necessitam de atendimentos e tratamentos específicos são encaminhados para cidades que são referência via SUS.

Em 2023 mais de 2.300 pacientes foram encaminhados para consultas nos serviços de referências regionais.

Pacientes oncológicos e que fazem hemodiálise também são transportados para suas referências.  Vale ressaltar que o paciente oncológico é monitorado e seu tratamento tem início em poucos dias após o diagnóstico. O local de tratamento é definido pela regulação do SUS.

O encaminhamento é feito também nos casos cirúrgicos, alta complexidade, que englobam a parte vascular, colecistectomia, hérnia, cirurgia geral, torácica, histerectomia, laqueadura, neurocirurgia, vasectomia, entre outros procedimentos.

Esse trabalho de encaminhamento é realizado por uma equipe que atua na regulação e planejamento das ações junto aos sistemas disponibilizados pelo SUS.

Para atender as necessidades de consultas, exames, procedimentos e cirurgias externa, a Prefeitura de Aguaí ainda disponibiliza do transporte eletivo para esses pacientes. Somente em 2023 foram realizadas em torno de 6.000 viagens, transportando no total mais de 30.000 passageiros.